ทะเลสาบวิกตอเรีย(Lake Victoria) อยู่ในเขตติดต่อสามประเทศได้แก่ เคนยา แทนซาเนีย และยูกันดา ทะเลสาบวิกตอเรียนี้เป็นทะเลสาบที่ใหญ่ที่สุดในทวีปแอฟริกา และใหญ่เป็นอันดับที่ 3 ของโลก มีเนื้อที่ประมาณ 68,800 ตารางกิโลเมตร นอกจากนี้ทะเลสาบวิกตอเรียยังเป็นทะเลสาบที่มีอายุน้อยที่สุดในแถบนี้ ซึ่งตั้งอยู่ระหว่างหุบเขาเกรตริฟต์แวลลีย์ และเป็นแหล่งน้ำจืดที่สำคัญของทวีปแอฟริกา และทะเลสาบวิกตอเรียเป็นต้นกำเนิดของแม่น้ำไนล์ โดยมีแม่น้ำคาเกราไหลเข้ามายังทะเลสาบ
ทะเลสาบแทนแกนยิกา(Lake Tanganyika) มีเนื้อที่ประมาณ 32,900 ตารางกิโลเมตร เป็นแหล่งน้ำจืดที่สำคัญเป็นอันดับ 2 ในทวีปแอฟริการองจากทะเลสาบวิกตอเรีย นอกจากนี้ทะเลสาบแทนแกนยิกายังใหญ่เป็นทะเลสาบที่ใหญ่เป็นอันดับ 2 ของทวีปแอฟริกา ที่สำคัญมันเป็นทะเลสาบที่ลึกที่สุดในทวีปแอฟริกาโดยจุดที่มีความลึกที่สุดมีความลึกมากกว่า 1,470 เมตร ทะเลสาบแทนแกนยิกานี้เกิดจากการทรุดตัวของแผ่นเปลือกโลก ซึ่งตั้งอยู่ในแนวเกรตริฟต์แวลลีย์
ทะเลสาบชาด(Lake Chad) เป็นทะเลสาบน้ำจืดที่มีน้ำค่อนข้างตื้น เป็นแหล่งที่อยู่ที่สำคัญของนกหลายชนิด ในช่วงเวลาที่น้ำขึ้นสูงในฤดูฝน ทะเลสาบจะคลอบคลุมพื้นที่มากกว่า 20,800 ตารางกิโลเมตร แต่บางช่วงเวลาขนาดพื้นที่ของทะเลสาบชาดนี้อาจลดเหลือเพียง 10,000 ตารางกิโลเมตร ส่วนที่ลึกที่สุดมีความลึกเพียงแค่ 8 เมตร
คลองสุเอซ (The Suez Canal) เป็นคลองที่มนุษย์สร้างขึ้นในประเทศอียิปต์ ระหว่าง Port Said (Būr Sa'īd) ฝั่งทะเลเมดิเตอร์เรเนียน และเมืองสุเอซ (Suez) บนฝั่งทะเลแดง มีความยาว 183 กิโลเมตร คลองสุเอซช่วยให้การเดินทางระหว่างทวีปยุโรปกับทวีปเอเชียสั้นลงเป็นอย่างมาก เนื่องจากเรือไม่ต้องเดินทางอ้อมทวีปแอฟริกา ก่อนการสร้างคลองนั้น ใช้การขนถ่ายสินค้าทางบกระหว่างทะเลเมดิเตอร์เรเนียนกับทะเลแดง คลองสุเอซแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ ส่วนเหนือและส่วนใต้ โดยมีทะเลสาบเกรทบิทเทอร์ (Great Bitter) เป็นจุดกลาง สินค้าที่เดินทางผ่านคลองนี้ส่วนใหญ่เป็นน้ำมันดิบจากตะวันออกกลาง
